منظور از نظم در برهان ، نظم غايي است
نظم يا صناعي است يا تکويني (طبيعي). نظم صناعي مثل نظم موجود در ساعت يا اتومبيل و امثال آن که از مدار بحث برهان نظم خارج است ؛ و اگر در ضمن برهان نظم به آن اشاره شود از باب تقريب به ذهن است. امّا خود نظم تکويني نيز حدّاقل داراي سه قسم است.  
1. نظم داخلي 2. نظم فاعلي  .3نظم غايي.
مراد ار نظم داخلي آن نظم و انسجام و هماهنگي هندسي و رياضي است که بين اجزاء يک موجود مرکّب وجود دارد. در اين قسم نظم ، نه عنايتي به فاعل آن موجود مي شود نه عنايتي به غايت و هدف آن. در برهان نظم از چنين نظمي استفاده نمي شود.
امّا نظم فاعلي عبارت است از ربط ضروري بين علت فاعلي و معلول آن ؛ يعني محال است از هر علت فاعلي هر معلولي صادر شود ؛ و محال است هر معلولي از هر فاعلي صادر شود ؛ بلکه هر معلولي علت فاعلي خاصّي دارد و هر علت فاعلي نيز معلول خاصّ خود را دارد. ــ توجه: نجّار و بنّا و ساعت ساز و امثال آنها علت فاعلي نيستند؛ بلکه مونتاژ کننده اند. علت فاعلي يعني علتي که وجود مي دهد ؛ مثلا اراده ي انسان علت فاعلي صور خيالي اوست ــ  اين گونه نظم نيز در برهان نظم کاربرد ندارد ؛ چون حقيقت اين نظم چيزي جز قانون علّيّت نيست. لذا برهاني که با اين گونه نظم ترتيب داده شود ، در حقيقت برهان علّيّت خواهد بودن نه برهان نظم مصطلح.
نظم غايي نيز خود دو معناي متفاوت دارد. گاه مراد از نظم غايي ربط ضروري بين علت غايي و معلول آن است ؛ به اين معني که هر موجود مادي غايتي مخصوص به خود دارد و محال است به غايتي غير از غايت خود برسد ؛ مثلا محال است درخت سيب ، ميوه انار بدهد ؛ يا محال است از تخم مرغ ، جوجه اردک بيرون آيد. اين قسم نظم نيز در برهان نظم کاربرد ندارد ؛ چرا که اين همان قانون سنخيّت بين علّت و معلول است. بنابراين ، برهان مبتني بر اين گونه نظم نيز سر از برهان علّيّت در مي آورد.
منظور ديگر از نظم غايي ، آن هماهنگي و همسويي خاصّي است که براي رسيدن به هدفي خاصّ ، بين چندين موجود برقرار مي شود. براي مثال تمام اجزاي يک بدن ، با اين که هيچ شعوري نداشته و نسبت به همديگر آگاهي ندارند ، دست به دست هم مي دهند تا حيات کلّ بدن را حفظ کنند. چنين نظمي را نظم بيولوژيکي مي نامند. يا موجودات گوناگون زنده و غير زنده در يک محوّطه طبيعي بدون اينکه خود بدانند دست به دست هم مي دهند و سيستمي به وجود مي آورند که بقاء تک تک آن موجودات را تضمين مي کند. همچنين کلّ موجودات زمين بدون اينکه خود عالم به نقش خويش باشند ، نظمي خاصّ در کلّ کره زمين پديد مي آورند که حيات زمين و موجودات آن را تضمين مي کند. خود زمين نيز همراه ديگر اجرام فضايي ، نظمهايي عظيمتر را شکل مي دهند. اين همان نظمي است که برهان نظم بر مدار آن مي چرخد. کما اينکه تمام دانشمندان عالم بر اساس پذيرش اين نظم است که دنبال کشفيّات مي روند. اگر چنين پيش فرضي در اذهان دانشمندان وجود نداشت ، هيچگاه علوم تجربي پديد نمي آمدند. چون علوم تجربي به دنبال يافتن اين قسم نظمها هستند.
بنا بر اين ، وقتي سخن از نظم در برهان نظم به ميان آورده مي شود ؛ مراد نظم غايي است نه نظم هندسي و رياضي.
شهيد مطهري در اين رابطه مي فرمايد:
نظم ناشى از علت غايى‏
معنى نظمى که در باب خداشناسى به کار برده مى‏شود و دليل گرفته مى‏شود، اين است که :  اين نظم- به اصطلاح فلسفى- نظم ناشى از علت غايى است نه نظم ناشى از علت فاعلى.
نظم ناشى از علت فاعلى جز اين نيست که هر معلولى و هر اثرى، مؤثرى و فاعلى لازم دارد که قبل از آن معلول زمانا يا رتبةً وجود داشته است و به وجود آورنده آن است. قهرا اگر آن علت هم معلول علت ديگرى باشد و همين طور هر علتى معلول علت ديگر، و همچنين هر معلولى را هم که در نظر بگيريم به نوبه خودش علت براى معلولى باشد، خواه ناخواه يک نظم زنجيرى در ميان اشياء به وجود مى‏آيد. اين نظم (صِرف اين نظم را عرض مى‏کنم) به هيچ وجه دليل بر وجود خدا نخواهد بود.
ولى نظم ديگرى داريم که ناشى از علّيّت غايى است و معنايش اين است که در معلول، وضعى وجود دارد که حکايت مى‏کند که در ناحيه علتْ انتخاب وجود داشته است؛ يعنى اين علت که اين معلول را به وجود آورده است، در وضع و حالى قرار داشته است که مى‏توانسته اين معلول را به اشکالى ديگر به وجود آورد، و در ميان شکلهاى مختلفى که امکان داشته اين معلول وجود پيدا کند، يک شکل معينِ بالخصوص از ناحيه علت انتخاب شده است. پس ناچار در ناحيه علت بايد شعور و ادراک و اراده وجود داشته باشد که هدف را بشناسد و وسيله بودن اين ساختمان و اين‏وضع را براى آن هدف تميز بدهد و اين را که به وجود آورده است به عنوان وسيله براى آن هدف به وجود آورده باشد.
اصل عليت غايى در جايى ممکن است واقع شود که يا خود آن علتى که اين معلول را به وجود آورده است داراى شعور و ادراک و اراده باشد، يا آنکه اگر خود فاعل داراى شعور و ادراک و اراده نيست، تحت تسخير و تدبير و اراده فاعل بالاترى باشد. آن نظمى که مى‏گويند در عالم وجود دارد و دليل بر وجود خداوند است (يا اگر بخواهيم بهتر تعبير کنيم بايد بگوييم دليل بر وجود ماوراءالطبيعه است) اين نظمِ به معنى دوم است.
(مجموعه آثار جلد 4 ص 78)
با توجه به مطالبي که عرض شد و همچنين با توجه به فرمايشات استاد شهيد مطهري نظمي که در برهان نظم به کار برده مي شود نظم ناشي از علت غايي است و اين نظم با دليل و برهان اثبات مي شود فلذا چنين نظمي قابل انکار نخواهد بود.