بنابراين، امتياز طريقه اشراقي بر طريقه مشائي اين است كه در طريقه اشراقي علاوه بر بهره گيري از برهان عقل، از روش عرفان و راه دل و شهود باطني نيز استفاده مي‏شود و در نتيجه فيلسوف به حقايقي عاليتر از آنچه تفكر منطقي بدان مي رسد نايل مي گردد. در اين جا مناسب است كلام شيخ اشراق را (كه مبتكر اين طريقه در جهان اسلام است) در آغاز حكمة الاشراق، يادآور شويم. او مي گويد:

«من قبل از نگارش اين كتاب، كتابهايي را بر اساس طريقه مشائيان تأليف نموده، و قواعد فلسفي آنان را بيان نمودم كه از آن جمله كتاب «تلويحات» مي باشد، ولي اين كتاب (حكمة الاشراق) سبك و سياق ديگري دارد. و بر طريقه‎اي نزديكتر از طريقه مشائي استوار شده است، در اين روش مطالب در آغاز از طريق فكر به دست نمي‏آيد، بلكه از طريق رياضتها و مجاهدات باطني حاصل مي‏شود، آنگاه به آن اقامه برهان مي‏گردد» (علم حضوري به علم حصولي تبديل شده و قابل انتقال به ديگران مي‏گردد).

ابتكار ديگري كه شيخ اشراق در بحثهاي فلسفي به كار گرفته است بهره گيري از مفاهيم ديني و معارف قرآني در تبيين معرفتهاي عقلي و فلسفي مي‏باشد، چنان كه در كتاب «الألواح العمادية» مي‎گويد: در اين كتاب بخشهايي از لطايف و غرايب معرفت را آورده ام و بر پايه مباني عقلي، بر آنها اقامة برهان نموده، و سپس از آيات قرآن بر آنها استشهاد كرده‏ام. و در مباحث مربوط به نفس و مبدأ و معاد در كتاب ياد شده به آيات بسياري از قرآن استشهاد شده است.

بنابراين، طريقه بحث در فلسفه اشراقي مبني بر سه پايه است:

1)تزكيه نفس و تصفيه باطني و تحصيل معرفت شهودي.

2) تفكر و استدلال عقلاني و تحصيل معرفت برهاني.

3)استشهاد به آيات و روايا ت و تحكيم معرفت ايماني.

و به عبارت ديگر: در اين مكتب فلسفي، برهان و عرفان و قرآن (وحي) به ياري يكديگر آمده و در طريق معرفت هماهنگ مي‏باشند.

3. حكمت متعاليه:

منهج بحث در حكمت متعاليه صدرايي با شيوه بحث در فلسفه اشراقي تفاوت جوهري ندارد؛ زيرا صدر المتألهين ـ كه مبتكر روش حكمت متعاليه است ـ نيز روش برهان وعرفان را با هم به كار گرفته و در موارد مختلف به آيات و روايات نيز استشهاد نموده است. به عبارت ديگر: هماهنگي برهان و عرفان و قرآن با حكمت برهاني و عرفاني و قرآني را اثبات نموده است. آري حكمت متعاليه از دو نظر بر طريقه اشراقي برتري دارد:

يكي اين كه صدر المتألهين راهي را كه شيخ اشراق آغاز نمود تكميل كرد، و در اثبات هماهنگي و تطابق عقل و شرع در معارف الهي سعي بيشتري نمود و توفيق بيشتري به دست آورد، چنان كه از مراجعه به كتب فلسفي، و تفسيري او به دست مي آيد.

نكته ديگر اين كه: وي اصولي را در فلسفه تأسيس كرد، كه در فلسفه شيخ اشراق وجود نداشت و از اين طريق فلسفه او امتياز بيشتري يافت مانند «اصالت وجود»، «تشكيك در حقيقت وجود»، «حركت جوهري»، «اتحاد عاقل و معقول» و بحثهاي مهم ديگر؛ و چنان كه مي دانيم اصول مزبور در تبيين و تحكيم معارف الهي نقش مؤثر دارد و بر پايه آنها بسياري از معضلات فلسفي حل مي‎گردد.